28世紀を舞台に宇宙抗争を繰り広げる。
西暦2740年。平和な宇宙世界を守る任務を帯びたエージェントのヴァレリアンとローレリーヌ。見た目は初々しい若者たちではあったが、エージェントとしての能力は、トップクラス。
あらゆる宇宙種族が共存する”千の惑星都市”アルファに急遽派遣されることに。
多種多様な宇宙種族のるつぼである自由都市アルファでは、謎の放射線汚染が広がっていた。
トップエージェント２人は、事態の対処にあたっている司令官の護衛を務めることになった。
ところがヴァレリアンたちの前に、突如として謎の一団が現れる。彼らは30年前に消えたはずの惑星、ミュールの生き残り一団であった。その一団は、いきなり特任を受けた司令官を連れ去っててしまう事態に。
後を追ったヴァレリアンだが、そこで彼らが知ったのは、平和な世界を築く銀河を揺るがす邪悪な陰謀と、宇宙の歴史から抹殺されようとしていたある”秘密”だった-。
果たして特別任務を負ったヴァレリアンとローレリーヌは、銀河の中心として燦然と輝く“千の惑星の都市”と銀河の危機を救うことができるのか！？
