近未来2067年、人類は、環境破壊を防ぐことが出来ず、地球の植物を根絶やしにしてしまう大きな過ちを犯していた。
地球の酸素が急激に減少し、動植物のほとんどが死に絶え、謎のウィルスが人類に蔓延していた。
人類は絶滅の危機的状況に陥っていた。
人々は、屋外では人工酸素マスクを通した呼吸しかできず、人工酸素を供給するクロニコープ社が世界を支配していた。人類滅亡の危機を救うべく世界で唯一となっていた先端科学研究所を運営していたクロニコープ社は、ある日、407年後の未来から想像を絶するあるメッセージを受信する。それは「イーサンを未来に送れ」という謎のメッセージだった。
イーサンはクロニコープ社からの命を受け、またウイルスに侵された愛する妻の命を救うため、407年後の未来へタイムトラベルすることを決断する。407年後の地球は、文明が崩壊し、緑の生い茂った深いジャングルに覆いつくされていた。人類のいない廃墟とかしたかつての都市。変わり果てた荒廃したジャングルの世界だった。
イーサンは研究所跡で407年間で地球に起きた過去を調べ始める。未来に派遣された真の目的とその裏に隠された巨大な陰謀を知ることになる。彼は人類の滅亡を救う手立てを見つけ出すことができるのだろうか?