トップガンとして、最高の戦闘機乗りとして、30年以上に渡って、現役を貫き通してきた主人公ピート。
今もなお、海軍パイロットのトップとして限界に挑み続けているピート･ミッチェル（トム･クルーズ）ことコールネーム“マーヴェリック”。
無人戦闘機の台頭、仮想敵国の第5世代の最新鋭戦闘機の実戦配備が進む中、現役戦闘機の役目は新たな局面を迎えようとしていた。
そんな時代の趨勢の切り替わり目の刻に、第4世代戦闘機による極秘ミッションがスタートする。
激しいドッグファイトが予想されるミッションだからこそ、必要となるマンパワーの荒業戦闘機。
選ばれし、若きエースパイロットたちに、生き残り、ミッションを成功させる究極の機種裁きを教え込むため、生きるレガシー・マーヴェリックが教官に立ち上がった。
最高峰のエース・パイロットたち“トップガン”の卒業生たちを率いるマーヴェルは、過去の忌まわしき後悔の亡霊と対峙することを強いられる。
