世界中の滅亡から救われた世界。カテゴリ分けされた“KAIJU”群と人型巨大狩人兵器“イェーガー”の全面戦争から早10年が経とうとしていた。
世界は、KAIJU襲来後にあって、復興混沌とした状況にあった。人類が栄華を誇ったかつての世界を取り戻そうと、人類は必死でもがいていた。
ファンキーと秩序の入り乱れる中にあっても、徐々にではあったが、人類は着実に平和を取り戻そうとしていた。
だが、ある日、PPDC（環太平洋防衛軍）会議が開催され、平和への祭典が高らかに宣言されようとしているところに、正体不明の“イェーガー”が議事堂を襲撃し、議員たちの殺戮を始めるのであった。
この凄惨な大都市襲撃事件が新たなる大陸海戦の始まりを告げることを誰も知る由もなかったのだった…。
