地球連邦軍のお取り作戦に利用されるアムロ・レイ。
ガンダム、ホワイトベースの一行は、ジャブローでの防衛戦を耐えきった。
その勢いのままに地球連邦軍は、ジオン軍の地球進攻作戦の本拠地があるオデッサを攻略すべく、大きな賭けに出た。大反攻作戦は、地球連邦軍の形勢逆転の狼煙であった。
エースパイロット・アムロが乗るホワイトベースは、大反抗作戦が開始される前に最後の補給を受けるべく、ベルファストへ向け出向した。
連戦の激闘の合間のひとときを味わう暇もなく、ホワイトベースにある極秘任務が言い渡される。
それは、航行先の途中にある無人島、通称「帰らずの島」の索敵、残敵掃討任務であった。
索敵諜報へ出向いたジム部隊の全滅が幾度となく起こっていた。
これ以上、連邦軍の被害を出すわけにはいかない。
残置諜者の捜索に乗り出すアムロ達であったが、そこで見たのは、戦場にいるはずのない子供たちであった。
あっけにとられるアムロたちの前に一機のザクが躍り出た。
異常なほど戦闘慣れしたその敗残ザクは、肉弾戦でガンダムを圧倒していく。
激闘の末、崖落ちするガンダム。命からがら死地を脱したアムロだったが、気を失うことに。
気がつくと、、廃屋の一室で目を覚ます。
ククルス・ドアンと名乗るいかつい中年男と出会う。果たして、手負いのアムロは、島の隠された秘密を暴き、再びガンダムを見つけ、無事に死地から脱出できるのか？！
